Musiikkiterapian maisteriopintoja sekä jatko-opintoja voi suorittaa Jyväskylän yliopiston Musiikin, taiteen ja kulttuurin tutkimuksen laitoksella, jossa on myös musiikkiterapian professuuri. Tällä hetkellä musiikkiterapian maisteriopinnot toteutuvat musiikkitieteen koulutusohjelmassa.

Musiikkiterapiaan liittyvä tutkimustoiminta on Suomessa vilkasta ja kansainvälisesti tasokasta. Tähän mennessä Suomessa on tehty musiikkiterapian alalta yli 20 väitöskirjaa sekä lisäksi runsaasti muita opinnäytetöitä. Myös Suomen Akatemian tukemia tutkimushankkeita on käynnissä.